１)有害物的識別
了解原水水質變化的原因非常重要，因為它將影響對水處理工藝的要求、處理效率以及最終產出飲用水的健康危害性。通常，原水水質受天然因素和人為因素兩方面的影響。重要的天然因素包括野生動植物、氣候、地形、地質和植被等情況。人為因素包括點源（如廢水排放）和非點源（如地表徑流）。例如，市政廢水排放是病原體的重要來源；城市徑流和家畜養殖可以帶來大量的微生物污染；人類休閑娛樂活動可以是糞便污染的來源；以及含有農用化學品和肥料的農業徑流，這些都可以增加水處理工作的難度。
不論是從地表還是從地下取水，重要的是要了解當地集水區或地下含水層的特征，并要識別引起水污染的根源并加以管理。集水區可能造成污染的活動能減少到什么程度，會受到水源競爭以及集水區開發壓力的制約。然而，在土地利用和有害物控制上采用合適的操作往往是可行的，而不必嚴格限制一些活動。在各利害相關者之間開展合作可能是一種很有力的措施，既可以減少污染又不會減少發展的效益。
水資源和水源保護是保護飲用水水質的第一道防線。當集水區管理工作超出了飲用水供水單位的管轄權限范圍時，控制措施的規劃與實施就需要與其他機構進行合作。這里包括計劃主管部門、集水區、環境和水資源、道路管理部門，處理突發事件機構以及農業、工業和其他商業部門，他們的活動都可能影響水質。也許在開始不大可能開展水資源和水源保護的所有方面，但應優先開展集水區的管理工作。這樣，能使多個利益相關機構對飲水資源共同負責，評估污染風險，并制訂改進管理工作計劃以減少這些風險。
從地下深部承壓含水層抽取的地下水，通常在沒有直接污染的情況下，其微生物方面是安全的，且化學成分也比較穩定。然而，淺層的非承壓含水層可能受到農業活動排放或滲漏產生的污染（如病原體、硝酸鹽和農藥），以及受到當地衛生設施和污水處理（病原體和硝酸鹽）和工業廢物的污染。應納入有害分析及風險評價的有害物和有害情形事例請參見支持文件《水安全計劃手冊》第４單元及支持文件《為健康保護地表水》（附件１）。
２)控制措施
有效的資源和水源保護包括以下要素：
● 制訂和執行集水區管理計劃，包括保護地表水和地下水水源的控制措施；
● 制訂和執行集水區管理計劃，包括保護地表水和地下水水源的控制措施；
● 保證在制訂規章時內容包括對水資源的保護（土地利用計劃和流域管理），避免潛在的污染活動，并加以強制執行；
● 提高社區成員的認識，意識到人的活動對水質的影響。 當有多個水源可以利用時，可以靈活地選擇用哪個水源來處理和供水。這樣就可以避免從質量不好的河流中取水（如大雨之后），以減少風險并防止在后續處理過程中可能出現的問題。
在水庫中存放的水，由于沉降和滅活作用，包括陽光（紫外線）消毒，可以減少糞便微生物的數量，但也增加了污染物進入水體的機會。大多數來源于糞便的病原微生物（腸道病原體）在環境中不能無限期的存活。實際上腸道細菌經過幾周時間將相繼死去。腸道病毒和原蟲存活時間較長（數周到數月），但常因沉降作用和與土著微生物的對抗而被去除。水的滯留也使懸浮物沉降，使后續的消毒作用更有效并減少消毒副產物（ＤＢＰ）的形成。 地下水水源的控制措施應包括保護含水層和鉆孔周圍免遭污染，并保證鉆孔的完整（地表面加封，套管完整無損等）。
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