衛生院污水處理的目標主要為兩點：一、有機污染物的去除;二、細菌和病原體的殺滅。因此醫院污水的處理設計主要圍繞降解去除有機污染物和消毒殺菌展開。衛生院污水具有水質復雜, 水量小且變化幅度大等特點,在醫療機構污水處理工程中有一定的典型意義。根據《醫療機構水污染物排放標準》 18466-2005和衛生院的實際排污情況，一般采用二級處理工藝，即生化+消毒工藝處理醫院排放的污水。由于大多數的衛生院不配備完善的污水收集系統，一般采取的經處理之后達標排放，建設小型的污水處理站是目前比較可行的辦法。
衛生院污水處理執行的處理標準為《醫療機構水污染物排放標準》 GB18466-2005 中的直排標準：
| 項目 | COD | BOD5 | NH3-N | SS | Ph | 類大腸菌數目 |
| 標準值 | 60 | 20 | 15 | 20 | 6-9 | 100 |
生物接觸氧化法即常見的AO工藝是在生物接觸氧化池內裝填一定數量的填料，利用棲附在填料上的生物膜和充分供應的氧氣，通過生物氧化作用，將廢水中的有機物氧化分解，達到凈化目的。衛生院污水含有大量的細菌病毒等，須將處理完畢的水進行消毒處理，達標排放。
工藝流程
具體工藝流程圖如下圖所示：
工藝流程說明
根據國家的相關規定，污水在進行收集之前，糞便等必須進行消毒然后進入化糞池進行處理。污水經化糞池流出進入污水處理站的格柵井，去除顆粒雜物后，再經過調節池，隨后泵入生物接觸氧化池，進行酸化水解和硝化反硝化，降低有機物濃度，去除部分氨氮，然后入流O級生物接觸氧化池進行好氧生化反應，O級生物池分為兩級，在此絕大部分有機污染物通過生物氧化、吸附得以降解，出水自流至二沉池進行固液分離后，沉淀池上清水池消毒，清水流入清水池直接達標后回用或外排。
由格柵截留下的雜物定期裝入小車傾倒至垃圾場，二沉池中的污泥部分回流至A級生物處理池，另一部分污泥至污泥池進行污泥消化后定期抽吸外運，污泥池上清液回流至調節池再處理。
目前衛生院污水處理還存在很大的問題，因為日常運行費用及維護費用，很多地區衛生院污水處理工程都是面子工程，并未真正的投入使用。同樣一部分衛生院污水處理設施由于操作不當等因素同樣使污水處理未達到相應的處理標準。因此強化衛生院污水處理監管力度以及衛生院管理人員的環保意識是今后要務。
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